U Ministarstvu se obrazuju sljedeće organizacione jedinice:
- Sekretarijat Ministarstva,
- Odjeljenje centralne jedinice za harmonizaciju interne revizije,
- Odjeljenje za internu reviziju,
- Odjeljenje za evropske integracije,
- Odjeljenje za informacione tehnologije,
- Resor za fiskalni sistem
- Resor za finansijski sistem,
- Resor za budžet i javne finansije
- Resor za upravljanje dugom
- Resor za trezor,
- Resor za javna ulaganja
- Resor za pravne poslove.
U sastavu ministarstva se nalaze:
- Republičke uprave: Poreska uprava Republike Srpske i Republički devizni inspektorat;
- Republička upravna organizacija: Republički zavod za statistiku.