У складу са Правилником о унутрашњој организацији и систематизацији радних мјеста у Министарству науке и технологије, послови и задаци из надлежности Министарства обављају се у оквиру сљедећих организационих јединица:
- Сектор науке,
- Сектор технологије,
- Секретаријат Министарства.