У оквиру Секретаријата систематизује се:
1. Стручни савјетник за развој предшколског, основног и средњег образовања и васпитања
2. Одјељење за финансијско-планске и рачуноводствене послове
- Одсјек за филијале трезора
3. Одјељење за правне, опште и заједничке послове
- Одсјек за европске интеграције и међународну сарадњу
- Одсјек за дигитализацију у образовању
4. Одјељење за односе са јавношћу