На челу Министарства налази се министар који представља и руководи Министарством, остварује сарадњу како са органима и институцијама Босне и Херцеговине, Федерације Босне и Херцеговине тако и са међународним организацијама. Основна организациона јединица Министарства је сектор за породицу, омладину и спорт који је састављен од три одељења и секретаријата.

На челу одjељења налазе се начелници, а на челу секретаријата налази се секретар. У сваком одjељењу постоје виши стручни сарадници и стручни сарадници за одређене области из предметног сектора.