У Министарству се образују сљедеће организационе јединице:

1. Секретаријат Министарства,
2. Одјељење централне јединице за хармонизацију интерне ревизије,
3. Одјељење за интерну ревизију,
4. Одјељење за европске интеграције,
5. Одјељење за информационе технологије,
6. Ресор за фискални систем
7. Ресор за финансијски систем,
8. Ресор за буџет и јавне финансије
9. Ресор за управљање дугом
10. Ресор за трезор,
11. Ресор за јавна улагања
12. Ресор за правне послове.

У саставу министарства се налазе:

• Републичке управе: Пореска управа Републике Српске и Републички девизни инспекторат;
• Републичка управна организација: Републички  завод за статистику.